Tout comme son prédécesseur, Suikoden IV comporte plusieurs innovations. La plus marquante d'entre elles étant le système de combat; en effet, les précédents opus de la série permettaient de jouer jusqu'à 6 personnages à la fois lors des combats, alors qu'ici le nombre de combattants a été réduit à 4. Le système des Runes quant à lui a fait un retour en arrière par rapport à Suikoden III. Il a simplement subi un léger "lifting" car désormais il est possible d'associer jusqu'à 3 Runes par personnages (Tête, Main droite et Main gauche).